L'UNSA est animée par un Secrétariat National qui gère l’activité courante de l'organisation. Trois instances statutaires assurent un contrôle actif et permanent :  
* Le Congrès, instance suprême et souveraine, qui détermine les orientations générales et arrête les revendications interprofessionnelles,se réunit tous les trois ans.
* Le Bureau national, organe de direction qui se réunit tous les mois.
* Le Conseil national, organe de décisions entre deux congrès, se réunit au moins une fois par an. 
 
Les organisations adhérentes sont représentées au sein du Conseil national et du Bureau national au travers des pôles d'activité où elles se regroupent professionnellement. 
 
Les unions régionales, cœur de la vie interprofessionnelle, y sont également présentes ainsi que les retraités. L'UNSA une organisation véritablement interprofessionnelle.
 
L'UNSA est organisée :
* au plan professionnel : en fédérations et syndicats rassemblés en pôles d'activité et en regroupements transversaux ;
* au plan interprofessionnel : en unions régionales,départementales et locales.
 
Les pôles d'activité regroupent les organisations adhérentes ou leurs composantes par grands secteurs d'activité professionnelle.